Научно-производственный центр коневодства государственного объединения «Туркмен атлары» города Аркадага состоит из 4 отделов: ветеринарной лаборатории, зоотехнии, научно-клинического и молекулярно-генетического.
Отделение ветеринарной лаборатории Научно-производственного центра коневодства, состоит из бактериологического, вирусологического, серологического, микологического, паразитологического и химико-токсикологического отделов, проводит диагностику различных инфекционных и незаразных заболеваний лошадей на научной основе, а также исследования кормов, кормовых добавок, воды, ветеринарных препаратов, диагностических средств и биоматериалов, используемых для лошадей. Для проведения этих работ отдел ветеринарной лаборатории оснащено передовым, современным и инновационным оборудованием, соответствующим мировым стандартам.
В Научно-клиническом отделении Научно-производственного центра коневодства на научной основе проводятся сбор спермы лошадей и искусственное осеменение, диагностика различных заболеваний, реабилитация и лечение лошадей. Кроме того, в виварии отделения содержатся лабораторные животные, предназначенные для научных исследований. В ходе научных исследований, направленных на профилактику различных заболеваний лошадей, проводится заражение животных исследуемыми образцами и получаются предварительные результаты путем клинического наблюдения. Одновременно проводятся лабораторные исследования на животных для определения пригодности кормов, кормовых добавок, жидкостей и ветеринарных препаратов для лошадей. Кроме того, в Научно-производственном центре коневодства построены конюшни, расчитанные для содержания 40 лошадей, где проводится наблюдение за лошадьми до и после лечения, а также научно-клиническая работа.
Зоотехнический отдел Научно-производственного центра коневодства проводятся научные исследования по изучению кормления, разведения и селекции лошадей. А также ведутся работы по изучению ценности кормов для лошадей и способы повышения их питательности.
С помощью самого современного в мире оборудования, установленного в отделе молекулярной генетики Научно-производственного центра коневодства, ведется работа по систематическому изучению и учету чистопородности, качества потомства, степени родства и происхождения ахалтекинских лошадей.
Все вышеперечисленные отделения оснащены современным, передовым, инновационным технологическим оборудованием, что в значительной степени способствует качественному и точному выполнению научно-исследовательских работ, проводимых в Научно-производственном центре коневодства.